關(guān)于殼聚糖及其衍生物的抗菌機(jī)理尚有諸多未明之處。根據(jù)現(xiàn)有的研究結(jié)果，殼聚糖及其衍生物之所以能夠抑菌，主要是由于它們與細(xì)菌的細(xì)胞質(zhì)膜發(fā)生了一定的反應(yīng)，破壞了細(xì)菌正常的生理功能。盡管如此，殼聚糖及其衍生物在抗菌機(jī)理上還是存在一定的差異。

（1）殼聚糖抗菌作用的機(jī)理：殼聚糖所帶的陽離子與構(gòu)成為微生物細(xì)胞壁的唾液酸或磷脂質(zhì)陰離子發(fā)生離子結(jié)合，束縛了微生物的自由度，阻礙其發(fā)育。殼聚糖還被分解成低分子，滲透到微生物細(xì)胞壁內(nèi)，阻礙遺傳因子從DNA到RNA的轉(zhuǎn)移，從而阻止微生物的發(fā)育和繁殖。對細(xì)菌中的大腸桿菌、金黃色葡萄糖菌的最小發(fā)育阻止?jié)舛葹?0~20mg/kg，對灰霉菌、斑點(diǎn)病菌的最小生育阻止?jié)舛葹?0mg/kg，均顯示出極高的抗菌性。

殼聚糖衍生物抗菌作用的機(jī)理：據(jù)報道，陽離子消毒劑的靶點(diǎn)是微生物的細(xì)胞膜，細(xì)胞膜的主要成分是膜蛋白和磷脂，細(xì)菌的磷脂是磷酸甘油酯，它既有親水末端，又有疏水末端。以季銨鹽為例，由于殼聚糖季銨鹽的長烷基鏈也有疏水性，那么殼聚糖季銨鹽與磷脂之間由于疏水親和作用的強(qiáng)烈反應(yīng)，破壞了細(xì)菌的細(xì)胞質(zhì)膜，從而形成較高的抗菌活性。